據(jù)國(guó)際黃瓜基因組計(jì)劃首席科學(xué)家、中國(guó)農(nóng)科院蔬菜花卉所研究員黃三文介紹，本項(xiàng)研究對(duì)115個(gè)黃瓜品系進(jìn)行了重測(cè)序，并對(duì)一個(gè)野生黃瓜進(jìn)行了從頭測(cè)序。共發(fā)現(xiàn)330多萬(wàn)個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)，33萬(wàn)多個(gè)小插入和刪除，以及594個(gè)獲得/缺失變異?；谶@些數(shù)據(jù)，構(gòu)建起一個(gè)單核苷酸分辨率的黃瓜遺傳變異圖譜。
這115個(gè)黃瓜品系可分為4大類，即印度類群、歐亞類群、東亞類群和西雙版納類群，其中印度類群主要來(lái)自于野生變種，而其余3個(gè)品種均來(lái)自栽培變種。比較分析發(fā)現(xiàn)，印度類群遺傳多樣性遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)其他3個(gè)類群，這一結(jié)果證實(shí)了印度是黃瓜的發(fā)源地。
野生黃瓜果實(shí)極苦，原本在印度被當(dāng)作草藥，經(jīng)過(guò)馴化，變成了可口的蔬菜。本研究發(fā)現(xiàn)黃瓜基因組中有100多個(gè)區(qū)域受到了馴化選擇，包含2000多個(gè)基因。其中7個(gè)區(qū)域包括了控制葉片和果實(shí)大小的基因，果實(shí)失去苦味的關(guān)鍵基因已明確定位在染色體5上一個(gè)包含67個(gè)基因的區(qū)域內(nèi)。
大部分黃瓜的果肉顏色是白色或淺綠色的，橙色果肉這一性狀為西雙版納黃瓜所特有。本研究創(chuàng)造性地運(yùn)用群體分化這一新分析算法，發(fā)現(xiàn)了一個(gè)西雙版納黃瓜特有的突變。該突變導(dǎo)致了編碼β-胡蘿卜素羥化酶的基因失效，從而使得西雙版納黃瓜在果實(shí)成熟期因不能降解β-胡蘿卜素而呈橙色。這一發(fā)現(xiàn)不僅為培育營(yíng)養(yǎng)價(jià)值更高的黃瓜品種提供了分子育種工具，也為通過(guò)變異組快速挖掘重要性狀基因提供了新思路。
